Jump to Navigation

Εργασίες Σεμιναρίων - Νοέμβριος 2019

Γενικές οδηγίες
Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-5 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής. 
 
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ230 είναι πολλαπλός:
 
1. Εξοικείωση με την αναζήτηση βιβλιογραφίας.
2. Ανάπτυξη ερευνητικού πνεύματος – θέση ερευνητικών ερωτημάτων.
3. Εξοικείωση με εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής στην επίλυση πραγματικών βιολογικών προβλημάτων.
4. Ανάπτυξη δεξιοτήτων επικοινωνίας και εργασίας σε ομάδες.
 
Η κάθε ομάδα θα εργαστεί σε ένα  από τα παρακάτω θέματα και θα παραδώσει σύντομο γραπτό κείμενο (μέχρι 5000 λέξεις) με μορφή ερευνητικού άρθρου και θα παρουσιάσει τα αποτελέσματα της εργασίας της σε σύντομο ανοικτό σεμινάριο (20 λεπτά).
Συνοπτικά, η κάθε ομάδα εργασίας

  • μελετά τη σχετική βιβλιογραφία,
  • διατυπώνει την τελική μορφή του ερευνητικού ερωτήματος
  • σχεδιάζει τα (υπολογιστικά) πειράματα,
  • αναλύει και ερμηνεύει τα αποτελέσματα,
  • συγγράφει αναφορά και
  • παρουσιάζει την εργασία της.

Σημειώσεις
- Η κάθε ομάδα θα δηλώσει τη σειρά προτίμησής της για όλα τα παρακάτω θέματα μέχρι το μεσημέρι της Τρίτης 12/11/2019. Η τελική ανάθεση των θεμάτων στις ομάδες θα πραγματοποιηθεί την Τετάρτη 13/11/2019.
- Στη διαδικασία εκπόνησης του σεμιναρίου, η κάθε ομάδα θα έχει τη δυνατότητα να λάβει βοήθεια μόνο από το διδάσκοντα και τους βοηθούς του μαθήματος.
 
Θεματική περιοχή - Πρωτεϊνικά μόρια που συμμετέχουν στο διαχωρισμό υγρής-υγρής φάσης
Πρωτεϊνικά μόρια που συμμετέχουν στο διαχωρισμό υγρής-υγρής φάσης (liquid-liquid phase separation) έχουν πρόσφατα μελετηθεί, ιδιαίτερα σε σχέση με το σχηματισμό ενδοκυτταρικών οργανιδίων που δεν περιβάλλονται από μεμβράνη (membrane-less organelles) (Alberti et al., 2019; Hyman et al., 2019; Mitrea et al., 2016). Πρόσφατα έχουν αναπτυχθεί βάσεις δεδομένων οι οποίες καταχωρούν πρωτεϊνικά μόρια που συμμετέχουν σε φαινόμενα διαχωρισμού φάσης (Li et al., 2019; Mészáros et al., 2019; Ning et al., 2019; You et al., 2019).
 
Θέμα 1
Χαρακτηριστικά των αμινοξικών ακολουθιών πρωτεϊνών που συμμετέχουν στο διαχωρισμό υγρής-υγρής φάσης.
Θέμα 2
Χαρακτηριστικά των γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεϊνες που συμμετέχουν στο διαχωρισμό υγρής-υγρής φάσης.
Θέμα 3
Αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών που συμμετέχουν στο διαχωρισμό υγρής-υγρής φάσης.
Θέμα 4
Συντήρηση και φυλογενετική κατανομή πρωτεϊνών που συμμετέχουν στο διαχωρισμό υγρής-υγρής φάσης.
Θέμα 5
Σύγκριση των βάσεων δεδομένων πρωτεϊνών που συμμετέχουν στο διαχωρισμό υγρής-υγρής φάσης.
 
 
Βιβλιογραφία

Alberti, S., Gladfelter, A., Mittag, T., 2019. Considerations and Challenges in Studying Liquid-Liquid Phase Separation and Biomolecular Condensates. Cell 176, 419–434. https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.12.035

Hyman, A.A., Weber, C.A., Jülicher, F., 2014. Liquid-Liquid Phase Separation in Biology. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 30, 39–58. https://doi.org/10.1146/annurev-cellbio-100913-013325

Li, Q., Peng, X., Li, Y., Tang, W., Zhu, J., Huang, J., Qi, Y., Zhang, Z., 2019. LLPSDB: a database of proteins undergoing liquid–liquid phase separation in vitro. Nucleic Acids Res. https://doi.org/10.1093/nar/gkz778

Mészáros, B., Erdős, G., Szabó, B., Schád, É., Tantos, Á., Abukhairan, R., Horváth, T., Murvai, N., Kovács, O.P., Kovács, M., Tosatto, S.C.E., Tompa, P., Dosztányi, Z., Pancsa, R., 2019. PhaSePro: the database of proteins driving liquid-liquid phase separation. Nucleic Acids Res. https://doi.org/10.1093/nar/gkz848

Mitrea, D.M., Kriwacki, R.W., 2016. Phase separation in biology; functional organization of a higher order. Cell Commun Signal 14, 1. https://doi.org/10.1186/s12964-015-0125-7

Ning, W., Guo, Y., Lin, S., Mei, B., Wu, Y., Jiang, P., Tan, X., Zhang, W., Chen, G., Peng, D., Chu, L., Xue, Y., 2019. DrLLPS: a data resource of liquid-liquid phase separation in eukaryotes. Nucleic Acids Res. https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz1027/5613676

You, K., Huang, Q., Yu, C., Shen, B., Sevilla, C., Shi, M., Hermjakob, H., Chen, Y., Li, T., 2019. PhaSepDB: a database of liquid-liquid phase separation related proteins. Nucleic Acids Res. https://doi.org/10.1093/nar/gkz847

 

Comments

GeneMANIA: a server for working with protein/gene interaction networks in model organisms.
 
 



by Dr. Radut.