Jump to Navigation

Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη: Dot-Plots και δυναμικός προγραμματισμός

Μέρος Ι. Dot plots

  1. Αναζητήστε στη βάση δεδομένων UniProt την αλληλουχία του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από τον άνθρωπο και το ποντίκι (hint: P00374, P00375).
  2. Αποθηκεύστε τις αλληλουχίες σε μορφή FASTA.
  3. Ενεργοποιήστε την εφαρμογή Dotlet JS: 
  • Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με τον ευατό της.
  • Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με αυτή του ποντικού
  • Τί παρατηρείτε;

Μέρος ΙΙ. Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη με δυναμικό προγραμματισμό

  1. Πραγματοποιήστε ολική και τοπική στοίχιση κατά ζεύγη για τις παραπάνω αλληλουχίες με τις εφαρμογές που παρατίθενται στο "Pairwise sequence alignment", χρησιμοποιώντας τις προκαθορισμένες παραμέτρους.
  2. Συγκρίνετε τα αποτελέσματα με αυτά του Μέρους Ι.
  3. Σχολιάστε τα αποτελέσματα, αφού ελέγξετε τις σχετικές εγγραφές της UniProt (ή και τη βιβλιογραφία) για τα αμινοξικά κατάλοιπα που αντιστοιχούν στο ενεργό κέντρο του ενζύμου.


by Dr. Radut.