Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη: Dot-Plots και δυναμικός προγραμματισμός
Μέρος Ι. Dot plots
- Αναζητήστε στη βάση δεδομένων UniProt την αλληλουχία του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από τον άνθρωπο και το ποντίκι (hint: P00374, P00375).
- Αποθηκεύστε τις αλληλουχίες σε μορφή FASTA.
- Ενεργοποιήστε την εφαρμογή Dotlet JS:
- Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με τον ευατό της.
- Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με αυτή του ποντικού
- Τί παρατηρείτε;
Μέρος ΙΙ. Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη με δυναμικό προγραμματισμό
- Πραγματοποιήστε ολική και τοπική στοίχιση κατά ζεύγη για τις παραπάνω αλληλουχίες με τις εφαρμογές που παρατίθενται στο "Pairwise sequence alignment", χρησιμοποιώντας τις προκαθορισμένες παραμέτρους.
- Συγκρίνετε τα αποτελέσματα με αυτά του Μέρους Ι.
- Σχολιάστε τα αποτελέσματα, αφού ελέγξετε τις σχετικές εγγραφές της UniProt (ή και τη βιβλιογραφία) για τα αμινοξικά κατάλοιπα που αντιστοιχούν στο ενεργό κέντρο του ενζύμου.
- bio230's blog
- Log in to post comments