Jump to Navigation

Θέματα Σεμιναρίων - 2015

Wed, 03/18/2015 - 12:03 — BIO003

Ομάδες 5-7 φοιτητών θα ετοιμάσουν εργασίες σεμιναρίων σε 1 από τα παρακάτω θέματα:

  1. Εφαρμογές μεθόδων ψηφιακής επεξεργασίας σήματος (Digital Signal Processing) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
  2. Εφαρμογές Δικτύων/Γραφημάτων (Networks/Graphs) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
  3. Μέθοδοι Εξόρυξης Γνώσης από τη Βιοιατρική Βιβλιογραφία (Biomedical Literature Text Mining).

Η κάθε ομάδα θα επιλέξει τη μορφή της εργασίας της:

  1. Ανασκόπηση της βιβλιογραφίας.
  2. Παρουσίαση ενός λογισμικού της συγκεκριμένης κατηγορίας.

Οι αναφορές θα έχουν έκταση περίπου 10 σελίδων (Times 11, μονό διάστιχο).
Η ημερομηνία παράδοσης των εργασιών θα ορισθεί στο μάθημα της Πέμπτης, 19/03.

Comments

BIO003 - Wed, 03/18/2015 - 15:07.
  • Μετά από σχετική ερώτηση, στις ομάδες των σεμιναρίων μπορεί να συμμετέχουν  5-7 φοιτητές (διορθώθηκε στο post).
  • Οι ομάδες οι οποίες θα επιλέξουν να παρουσιάσουν συγκεκριμένο λογισμικό έχουν τη δυνατότητα να περιγράψουν λογισμικό το οποίο έχουν οι ίδιες αναπτύξει, υπό την προϋπόθεση ότι εμπίπτει στη συγκεκριμένη κατηγορία. Σημειώνεται ότι επιτρέπεται η χρήση εξωτερικών βιβλιοθηκών, πρέπει όμως να είναι ξεκάθαρο ποιο μέρος του κώδικα έχει ετοιμαστεί από την ομάδα εργασίας (αποφυγή λογοκλοπής). Το λογισμικό πρέπει να μπορεί να εκτελεσθεί σε υπολογιστικές πλατφόρμες που λειτουργούν με μια από τις πρόσφατες εκδόσεις κάποιου από τα διαδεδομένα λειτουργικά συστήματα (MS Windows, MacOSX, Linux). Εκτός από την αναφορά οι ομάδες θα παραδίδουν και τον πηγαίο κώδικα της εφαρμογής τους, καλά τεκμηριωμένο (documentation) ως προς τη λειτουργία και την εγκατάσταση του λογισμικού. Αναμένεται ότι ο κώδικας θα πρέπει να μεταγλωττίζεται/διερμηνεύεται χωρίς μηνύματα σφαλμάτων και να λειτουργεί για την ορθή επίλυση του συγκεκριμένου προβλήματος.

Βοηθητικές Βιβλιογραφικές Αναφορές

  • Εφαρμογές μεθόδων ψηφιακής επεξεργασίας σήματος (Digital Signal Processing) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.

    • Anastassiou D. Frequency-domain analysis of biomolecular sequences. Bioinformatics (2000) 16 (12): 1073-1081. [Link to the publisher].

  • Εφαρμογές Δικτύων/Γραφημάτων (Networks/Graphs) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.

    • Pavlopoulos GA, Secrier M, Moschopoulos CN, Soldatos TG, Kossida S, Aerts J, Schneider R., Bagos PG. Using graph theory to analyze biological networks. BioData Mining (2011); 4:10. [Link to the publisher].

  • Μέθοδοι Εξόρυξης Γνώσης από τη Βιοιατρική Βιβλιογραφία (Biomedical Literature Text Mining).

    • Lu Z. PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature.

      Database (2011): baq036. [Link to the publisher].

  1.  

 



by Dr. Radut.