Jump to Navigation

Εργασία Σεμιναρίου

Οι ομάδες 4-6 φοιτητών που έχετε σχηματίσει θα επιλέξετε να ασχοληθείτε με ένα από τα θέματα 1, 2 και το κοινό θέμα που περιγράφονται παρακάτω.
Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία.
ΘΕΜΑ 1
Το γονιδίωμα του παθογόνου μικροοργανισμού Mycoplasma genitalium (στέλεχος G37) ήταν από τα πρώτα γονιδιώματα κυτταρικών μορφών ζωής που προσδιορίστηκαν (Fraser et al, 1995). Το μικρό σε μέγεθος συμπαγές γονιδίωμα αυτό προβλέπεται να περιλαμβάνει 475 γονίδια τα οποία κωδικοποιούν πρωτεϊνικά μόρια (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/474?genome_assembly_id=166957, πρόσβαση 06/11/2014). Από αυτά τα 94 αναφέρονται να κωδικοποιούν "υποθετικές" πρωτεϊνες (hypothetical proteins).
Εκτελώντας αναζητήσεις ομοιότητας στις βάσεις πρωτεϊνικών δεδομένων να απαντήσετε στα ακόλουθα ερωτήματα:

  1. Πόσες/ποιές από αυτές τις υποθετικές πρωτεϊνες  προβλέπετε να έχουν ομόλογο μόνο σε στελέχη του είδους Mycoplasma genitalium;
  2. Πόσες/ποιές από αυτές μόνο σε είδη του γένους Mycoplasma;
  3. Μπορείτε για κάποιες από αυτές να προτείνετε πιθανές λειτουργίες;  

Σχετική βιβλιογραφία
Fraser CM, Gocayne JD, White O, Adams MD, Clayton RA, Fleischmann RD, Bult CJ, Kerlavage AR, Sutton G, Kelley JM, Fritchman RD, Weidman JF, Small KV, Sandusky M, Fuhrmann J, Nguyen D, Utterback TR, Saudek DM, Phillips CA, Merrick JM, Tomb JF, Dougherty BA, Bott KF, Hu PC, Lucier TS, Peterson SN, Smith HO, Hutchison CA 3rd, Venter JC. The minimal gene complement of Mycoplasma genitalium. Science. 1995, 270(5235):397-403.
 
ΘΕΜΑ 2
Η αυτοφαγία είναι μια καταβολική κυτταρική διαδικασία των ευκαρυωτικών κυττάρων, η οποία οδηγεί σε αποικοδόμηση κυτταρικά συστατικά που βρίσκονται σε περίσσεια ή έχουν καταστραφεί (Yang and Klionski, 2010). Πρόσφατα (Kalvari et al., 2014), μελετήθηκαν με μεθόδους υπολογιστικής βιολογίας χαρακτηριστικά των αλληλουχιών πρωτεϊνών οι οποίες είχαν σε παλαιότερες πειραματικές μελέτες ελεγχθεί σχετικά με την πρόσδεσή τους σε ομόλογες της πρωτεϊνης ATG8. 
Αφού ανακτήσετε τις αλληλουχίες ανθρώπινων πρωτεϊνών που αναφέρονται στον Πίνακα 1 της εργασίας των Kalvari et al., (2014) από τη βάση δεδομένων UniProt, να εκτελέσετε αναζητήσεις ομοιότητας στις βάσεις πρωτεϊνικών δεδομένων και να απαντήσετε στα ακόλουθα ερωτήματα:

  1. Ποιές/πόσες από αυτές τις πρωτεϊνες έχουν ομόλογες μόνο μεταξύ των Θηλαστικών;
  2. Ποιές/πόσες από αυτές τις πρωτεϊνες έχουν ομόλογες μόνο μεταξύ των Σπονδυλοζώων;
  3. Ποιές/πόσες από αυτές τις πρωτεϊνες έχουν ομόλογες σε Βακτήρια ή Αρχαία;
  4. Συσχετίζονται τα αποτελέσματα των 1-3 με τα αποτελέσματα της υπολογιστικής ανάλυσης και των πειραματικών ευρημάτων;

Σχετική βιβλιογραφία
Kalvari I, Tsompanis S, Mulakkal NC, Osgood R, Johansen T, Nezis IP, Promponas VJ iLIR: A web resource for prediction of Atg8-family interacting proteins. Autophagy. 2014, 10(5):913-25.
Yang Z, Klionsky DJ. Mammalian autophagy: core molecular machinery and signaling regulation. Curr Opin Cell Biol. 2010, 22:124-31.
 
Κοινό Θέμα 
Αναζητήστε στη βιβλιογραφία υπολογιστικά εργαλεία τα οποία πραγματοποιούν πρόβλεψη εγγενώς μη-δομημένων περιοχών (Intrinsically Disordered Regions) σε πρωτεϊνες από την αμινοξική τους αλληλουχία. Να εφαρμόσετε μία ή περισσότερες από αυτές τις μεθόδους στα σύνολα αλληλουχιών που μελετήσατε στα θέματα 1, 2 και να παρουσιάσετε τα αποτελέσματα. Ποιό ποσοστό των πρωτεϊνών έχει προβλεφθεί να περιέχει τέτοιες περιοχές;
 



by Dr. Radut.