Jump to Navigation

Πρακτική άσκηση - Σύγκριση αλληλουχιών

1. Από το υποσύνολο των "Reviewed" εγγραφών της διαδικτυακής βάσης δεδομένων UniProt (http://www.uniprot.org) να εντοπίσετε τις αλληλουχίες του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από ευκαρυωτικούς οργανισμούς με το μικρότερο και μεγαλύτερο μήκος.
α. Που οφείλεται η διαφορά μήκους των αλληλουχιών;
β. Μπορείτε να διακρίνετε κάποια συσχέτιση στα μήκη των αλληλουχιών και τη συστηματική κατάταξη των αντίστοιχων οργανισμών; Σχολιάστε.
γ. Από τις πληροφορίες σχετικά με τη λειτουργία της συγκεκριμένης πρωτεϊνης πιστεύετε ότι θα μπορούσε να αποτελεί καλό φαρμακευτικό στόχο για καταπολέμηση μικροβιακών λοιμώξεων;
2. Αποθηκεύσετε τις παραπάνω εγγραφές τόσο σε FASTA όσο και σε μορφή κειμένου (Text).
3. Χρησιμοποιήστε το εργαλείο Dotlet (http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet) για να δημιουργήσετε Dot Plot των παραπάνω αλληλουχιών. Σχολιάστε.
4. Χρησιμοποιήστε τα εργαλεία που προσφέρονται στο EBI (https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/) για κατά ζεύγη ολική και τοπική στοίχιση αλληλουχιών με δυναμικό προγραμματισμό ώστε να στοιχίσετε τις παραπάνω αλληλουχίες. Χρησιμοποιήστε τις προκαθορισμένες παραμέτρους (π.χ. πίνακες αντικατάστασης, ποινές εισαγωγής κενών).  Να σχολιάσετε τα αποτελέσματα (συγκρίνοντας και με το 3).
5. Επαναλάβετε τις στοιχίσεις του (4) αλλάζοντας μόνο τον πίνακα αντικατάστασης. Σχολιάστε.
6. Με τις παραπάνω αλληλουχίες ως queries πραγματοποιήστε αναζητήσεις με το εργαλείο BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) έναντι της πρωτεϊνικής βάσης δεδομένων NR αλλάζοντας το Maximum Hits σε 20000 και με τις υπόλοιπες παραμέτρους να έχουν τις προκαθορισμένες τιμές. 
α. Παρατηρείτε κάποιες διαφορές στα αποτελέσματα που λαμβάνετε; Σχολιάστε.
β. Μπορείτε να αναγνωρίσετε εάν υπάρχουν και πρωτεϊνες μη-ευκαρυωτικής προέλευσης στα αποτελέσματά σας;
Επιπλέον βήμα (Παράδοση μέχρι την Παρασκευή, 14/11)
7. Εκτελέστε τις αναζητήσεις με το BLAST αφού πρώτα "μασκάρετε" τις αλληλουχίες με τα λογισμικά SEG και CAST. Οι φιλτραρισμένες αλληλουχίες είναι διαθέσιμες (με αναζήτηση με το UniProt accession number) στον server LCR-eXXXplorer. Εναλλακτικά, μια αλληλουχία μασκάρεται με το SEG εάν επιλέξετε στο BLAST την παράμετρο "Filter Low complexity regions" και με το CAST στο server http://athina.biol.uoa.gr/CAST/. Σχολιάστε τα αποτελέσματα των αναζητήσεών σας, συγκρίνοντας και με τα αποτελέσματα του (6).
Σημείωση: Και στις 2 περιπτώσεις να απενεργοποιήσετε την παράμετρο "Compositional adjustments" του BLAST επιλέγοντας "No adjustment" από το αντίστοιχο menu.



by Dr. Radut.