Jump to Navigation

Πρακτική Άσκηση #1: Σύγκριση αλληλουχιών με Dot Plots

Εισαγωγικά στοιχεία
Για τους σκοπούς της άσκησης αυτής θα χρησιμοποιήσουμε το διαδικτυακό εργαλείο Dotlet το οποίο έχει αναπτυχθεί στο SIB.
Στόχος της άσκησης είναι η εξοικείωση με τις πληροφορίες που προσφέρουν τα dot plots.
Πρακτικό μέρος
A. Συλλογή δεδομένων
Θα μελετήσουμε ως προς την ομοιότητά τους τόσο νουκλεοτιδικές όσο και αμινοξικές αλληλουχίες που θα ανακτήσουμε μέσω του εργαλείου Entrez που προσφέρεται από το NCBI:

  • Από την κεντρική σελίδα του Entrez να αναζητήσετε τις αλληλουχίες για τα παρακάτω γονίδια:
    • Διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από άνθρωπο, ποντικό και Escherichia coli
    • Να σώσετε στον υπολογιστή σας τις αλληλουχίες των γονιδίων και των αντίστοιχων πρωτεϊνών σε μορφή FASTA

Β. Εκτέλεση εφαρμογής Dotlet

  • Εξοικειωθείτε με τη κεντρική σελίδα της εφαρμογής Dotlet (χρήσιμοι σύνδεσμοι: 'need help?' και 'learn by example').
  • Να πραγματοποιήσετε όλες τις δυνατές συγκρίσεις των γονιδίων (και των αντίστοιχων πρωτεϊνών) της διυδροφολικής αναγωγάσης που αποθηκεύσατε νωρίτερα.
  • Να παρουσιάσετε συνοπτικά τα αποτελέσματά σας και να τα σχολιάσετε.

 



by Dr. Radut.