Jump to Navigation

Διαλέξεις - Άρθρα -Σημειώσεις

  • Εισαγωγική διάλεξη (Slides, PDF).
  • Αλληλουχίες βιολογικών μακρομορίων και εισαγωγή στη μοριακή εξέλιξη (Slides, PDF)

Σχετική Βιβλιογραφία

 

  • Στοίχιση αλληλουχιών κατά ζεύγη (Slides, PDF)

1ο πακέτο σημειώσεων (PDF). Καλύπτονται: ειασγωγή στις αλληλουχίες βιολογικών μακρομορίων, πίνακες αντικατάστασης, υπολογιστικές μέθοδοι ανάλυσης ομοιότητας αλληλουχιών (αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού).

Σχετική Βιβλιογραφία

  • Needleman, Saul B.; and Wunsch, Christian D. (1970). A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. Journal of Molecular Biology 48 (3): 443–53. (PUBMED)
  • Smith, Temple F.; and Waterman, Michael S. (1981). Identification of Common Molecular Subsequences. Journal of Molecular Biology 147: 195–197. (PUBMED)

 

  • Αναζήτηση ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων αλληλουχιών (Slides, PDF)

2ο πακέτο σημειώσεων (PDF). Καλύπτονται: βασικές έννοιες και ευριστικές μέθοδοι αναζήτησης ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων αλληλουχιών (FASTA, BLAST), εκτίμηση της στατιστικής σημαντικότητας των αποτελεσμάτων, περιοχές με ακραία σύσταση.

Σχετική Βιβλιογραφία

  • Lipman DJ and Pearson WR, Rapid and Sensitive Protein Similarity Searches. Science, 1985, Vol 227, Issue 4693, 1435-1441. (PUBMED, author's copy)
  • Pearson WR and Lipman DJ, Improved Tools for Biological Sequence Comparison. PNAS, 1988, 85(8), 2444-2448. (PDF)
  • Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW and Lipman DJ, Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol., 1990, 215(3), 403-410. (PDF)
  • Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ, Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res.  1997, 25(17):3389-3402. (PUBMED)
  • McGinnis S and Madden TL, BLAST: at the core of a powerful and diverse set of sequence analysis tools. Nucleic Acids Res.  2004, 32(Web server issue):W20-W25. (PUBMED)

 

  • Εκτίμηση στατιστικής σημαντικότητας των αποτελεσμάτων αναζήτησης ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων αλληλουχιών (Slides, PDF)
  • Πίνακες αντικατάστασης (Slides, PDF)

Σχετική Βιβλιογραφία

  • Dayhoff MO, Schwartz RM, and Orcutt BC, A Model of Evolutionary Change in Proteins. 1978, In Dayhoff, M. O. [ed] Atlas of protein sequece and structure, supplement 3. National Biomedical Research Foundation, Washington, DC, pp. 345-352. (Author's copy)
  • Henikoff, S.; Henikoff, J.G. (1992). Amino Acid Substitution Matrices from Protein Blocks. PNAS 89 (22): 10915–10919. (PDF)
  • Mark P Styczynski; Kyle L Jensen, Isidore Rigoutsos, Gregory Stephanopoulos (2008). BLOSUM62 miscalculations improve search performance. Nat. Biotech. 26 (3): 274–275. (Publisher's website)

 

  • Επιπλέον υλικό (περιοχές ακραίας αμινοξικής σύστασης, πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών, ταξινόμηση πρωτεϊνκών δομών, πρόβλεψη δομής πρωτεινών) βρίσκεται εδώ: [Επιπλέον Υλικό].


by Dr. Radut.