Γενικές οδηγίες
Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-4 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής.
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ650 είναι πολλαπλός:
Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-5 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής. Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία που θα επιλέξετε.
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ230 είναι πολλαπλός:
Οι ομάδες 4-6 φοιτητών που έχετε σχηματίσει θα επιλέξετε να ασχοληθείτε με ένα από τα θέματα 1, 2 και το κοινό θέμα που περιγράφονται παρακάτω.
Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία.
ΘΕΜΑ 1
1. Από το υποσύνολο των "Reviewed" εγγραφών της διαδικτυακής βάσης δεδομένων UniProt (http://www.uniprot.org) να εντοπίσετε τις αλληλουχίες του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από ευκαρυωτικούς οργανισμούς με το μικρότερο και μεγαλύτερο μήκος.
α. Που οφείλεται η διαφορά μήκους των αλληλουχιών;
β. Μπορείτε να διακρίνετε κάποια συσχέτιση στα μήκη των αλληλουχιών και τη συστηματική κατάταξη των αντίστοιχων οργανισμών; Σχολιάστε.
Σκοπός της άσκησης αυτής είναι η εξοικείωση με τη χρήση των εργαλείων αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων αλληλουχιών και η αποτίμηση των αποτελεσμάτων των αναζητήσεων.
ΜΕΡΟΣ Α
Στο εργαστήριο προσδιορίσατε την αλληλουχία ενός ανθρώπινου γονιδίου και η μελέτη της αλληλουχίας του υποδικνύει ότι το γονίδιο κωδικοποιεί την παρακάτω αλληλουχία:
Εισαγωγικά στοιχεία
Για τους σκοπούς της άσκησης αυτής θα χρησιμοποιήσουμε το διαδικτυακό εργαλείο Dotlet το οποίο έχει αναπτυχθεί στο SIB.
Στόχος της άσκησης είναι η εξοικείωση με τις πληροφορίες που προσφέρουν τα dot plots.
Πρακτικό μέρος
A. Συλλογή δεδομένων
Θα μελετήσουμε ως προς την ομοιότητά τους τόσο νουκλεοτιδικές όσο και αμινοξικές αλληλουχίες που θα ανακτήσουμε μέσω του εργαλείου Entrez που προσφέρεται από το NCBI:
ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία (6 ECTS)
