Γενικές οδηγίες
Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-5 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής.
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ230 είναι πολλαπλός:
1. Εξοικείωση με την αναζήτηση βιβλιογραφίας.
2. Ανάπτυξη ερευνητικού πνεύματος – θέση ερευνητικών ερωτημάτων.
Μπορείτε να βρείτε το σχετικό υλικό του μαθήματος με διορθωμένες τις σχέσεις για τον υπολογισμό precision, recall.
Slides
Σημειώσεις
Μπορείτε να βρείτε την παρουσίαση που συζητήσαμε στο φροντιστήριο [PDF].
-
Αναζητήστε στη βάση δεδομένων UniProt την αλληλουχία του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από το βακτήριο Escherichia coli (hint: P0ABQ4, P13922).
-
Συγκρίνετε τις αλληλουχίες αυτές με ολική και τοπική στοίχιση με την ανθρώπινη πρωτεϊνη.
-
Να σχολιάσετε τα αποτελέσματά σας.
Μέρος Ι. Dot plots
-
Αναζητήστε στη βάση δεδομένων UniProt την αλληλουχία του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από τον άνθρωπο και το ποντίκι (hint: P00374, P00375).
-
Αποθηκεύστε τις αλληλουχίες σε μορφή FASTA.
-
Ενεργοποιήστε την εφαρμογή Dotlet JS:
-
Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με τον ευατό της.
-
Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με αυτή του ποντικού
-
Τί παρατηρείτε;
Μέρος ΙΙ. Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη με δυναμικό προγραμματισμό
1. Διατυπώστε ένα βιολογικό ερώτημα που σας απασχολεί εξηγώντας συνοπτικά τη σημασία του.
2. Σχεδιάστε μια στρατηγική αναζήτησης στη βάση δεδομένων PubMed για την ανάκτηση εγγραφών της βιβλιογραφίας που θα σας δίνουν πρόσβαση σε πληροφορίες σχετικές με το ερώτημά σας. Περιγράψτε σύντομα το σκεπτικό που σας οδήγησε στη συγκεκριμένη στρατηγική.
3. Εκτελέστε την αναζήτηση και περιγράψετε σύντομα τα αποτελέσματά της.
Γενικές οδηγίες
Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-4 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής.
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ650 είναι πολλαπλός:
Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-5 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής. Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία που θα επιλέξετε.
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ230 είναι πολλαπλός:
Οι ομάδες 4-6 φοιτητών που έχετε σχηματίσει θα επιλέξετε να ασχοληθείτε με ένα από τα θέματα 1, 2 και το κοινό θέμα που περιγράφονται παρακάτω.
Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία.
ΘΕΜΑ 1
1. Από το υποσύνολο των "Reviewed" εγγραφών της διαδικτυακής βάσης δεδομένων UniProt (http://www.uniprot.org) να εντοπίσετε τις αλληλουχίες του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από ευκαρυωτικούς οργανισμούς με το μικρότερο και μεγαλύτερο μήκος.
α. Που οφείλεται η διαφορά μήκους των αλληλουχιών;
β. Μπορείτε να διακρίνετε κάποια συσχέτιση στα μήκη των αλληλουχιών και τη συστηματική κατάταξη των αντίστοιχων οργανισμών; Σχολιάστε.
Σκοπός της άσκησης αυτής είναι η εξοικείωση με τη χρήση των εργαλείων αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων αλληλουχιών και η αποτίμηση των αποτελεσμάτων των αναζητήσεων.
ΜΕΡΟΣ Α
Στο εργαστήριο προσδιορίσατε την αλληλουχία ενός ανθρώπινου γονιδίου και η μελέτη της αλληλουχίας του υποδικνύει ότι το γονίδιο κωδικοποιεί την παρακάτω αλληλουχία:
Εισαγωγικά στοιχεία
Για τους σκοπούς της άσκησης αυτής θα χρησιμοποιήσουμε το διαδικτυακό εργαλείο Dotlet το οποίο έχει αναπτυχθεί στο SIB.
Στόχος της άσκησης είναι η εξοικείωση με τις πληροφορίες που προσφέρουν τα dot plots.
Πρακτικό μέρος
A. Συλλογή δεδομένων
Θα μελετήσουμε ως προς την ομοιότητά τους τόσο νουκλεοτιδικές όσο και αμινοξικές αλληλουχίες που θα ανακτήσουμε μέσω του εργαλείου Entrez που προσφέρεται από το NCBI:
