Jump to Navigation

bio230's blog

Lab Practical: Sequence database search with the NCBi-BLAST suite

Please find material and data in the following hyperlink: Material and Data
 
Enjoy!!

Πρότυπο Αναφοράς

Μπορείτε να βρείτε την παρουσίαση που συζητήσαμε στο φροντιστήριο [PDF].

Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη: Dot-Plots και δυναμικός προγραμματισμός (2ο μέρος)

  1. Αναζητήστε στη βάση δεδομένων UniProt την αλληλουχία του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από το βακτήριο Escherichia coli (hint: P0ABQ4, P13922).
  2. Συγκρίνετε τις αλληλουχίες αυτές με ολική και τοπική στοίχιση με την ανθρώπινη πρωτεϊνη.
  3. Να σχολιάσετε τα αποτελέσματά σας.

Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη: Dot-Plots και δυναμικός προγραμματισμός

Μέρος Ι. Dot plots

  1. Αναζητήστε στη βάση δεδομένων UniProt την αλληλουχία του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από τον άνθρωπο και το ποντίκι (hint: P00374, P00375).
  2. Αποθηκεύστε τις αλληλουχίες σε μορφή FASTA.
  3. Ενεργοποιήστε την εφαρμογή Dotlet JS: 
  • Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με τον ευατό της.
  • Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με αυτή του ποντικού
  • Τί παρατηρείτε;

Μέρος ΙΙ. Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη με δυναμικό προγραμματισμό

Εργασία στην ανάκτηση δεδομένων από την PubMed.

1. Διατυπώστε ένα βιολογικό ερώτημα που σας απασχολεί εξηγώντας συνοπτικά τη σημασία του.
2. Σχεδιάστε μια στρατηγική αναζήτησης στη βάση δεδομένων PubMed για την ανάκτηση εγγραφών της βιβλιογραφίας που θα σας δίνουν πρόσβαση σε πληροφορίες σχετικές με το ερώτημά σας. Περιγράψτε σύντομα το σκεπτικό που σας οδήγησε στη συγκεκριμένη στρατηγική.
3. Εκτελέστε την αναζήτηση και περιγράψετε σύντομα τα αποτελέσματά της.

Δομή Επιστημονικού Άρθρου

Μπορείτε να βρείτε μια πολύ χρήσιμη περιγραφή στο σύνδεσμο https://hsl.lib.umn.edu/biomed/help/structure-a-research-paper.

Εργασίες Σεμιναρίων - Νοέμβριος 2016

Γενικές οδηγίες

Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-4 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής. 

 

Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ650 είναι πολλαπλός:

Welcome to BIO230

Αγαπητοί φοιτητές,
Το συμβόλαιο του μαθήματος έχει αναρτηθεί σε μορφή PDF στον ακόλουθο σύνδεσμο: 
http://troodos.biol.ucy.ac.cy/BRLnew/drupal-7.0/sites/default/files/AnalytikoProgrammaBIO230-Winter2016.pdf
Καλό εξάμηνο!
 

Εργασία Σεμιναρίου - Χειμερινό Εξάμηνο 2015-2016

Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-5 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής. Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία που θα επιλέξετε.
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ230 είναι πολλαπλός: 

Εργασία Σεμιναρίου

Οι ομάδες 4-6 φοιτητών που έχετε σχηματίσει θα επιλέξετε να ασχοληθείτε με ένα από τα θέματα 1, 2 και το κοινό θέμα που περιγράφονται παρακάτω.
Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία.
ΘΕΜΑ 1

Πρακτική άσκηση - Σύγκριση αλληλουχιών

1. Από το υποσύνολο των "Reviewed" εγγραφών της διαδικτυακής βάσης δεδομένων UniProt (http://www.uniprot.org) να εντοπίσετε τις αλληλουχίες του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από ευκαρυωτικούς οργανισμούς με το μικρότερο και μεγαλύτερο μήκος.
α. Που οφείλεται η διαφορά μήκους των αλληλουχιών;
β. Μπορείτε να διακρίνετε κάποια συσχέτιση στα μήκη των αλληλουχιών και τη συστηματική κατάταξη των αντίστοιχων οργανισμών; Σχολιάστε.

Καλή Ακαδημαϊκή Χρονιά 2014-2015!!

Μπορείτε να κατεβάσετε το συμβόλαιο μαθήματος από τον παρακάτω σύνδεσμο:
http://troodos.biol.ucy.ac.cy/BRLnew/drupal-7.0/sites/default/files/BIO230/Winter2014/AnalytikoProgramma.pdf

Υλικό: Εισαγωγή στη Δομική Βιοπληροφορική

Εισαγωγή στη Δομική Βιοπληροφορική
Σημείωση: Για την εξέταση του Δεκέμβρη να μελετήσετε το υλικό που αντιστοιχεί μέχρι τη διαφάνεια 65.
Επίσης, δείτε το πακέτο σημειώσεων 4 που έχει αναρτηθεί παλαιότερα (Σημειώσεις).
 

Πρακτική Άσκηση ##2: Αναζητήσεις σε βάσεις δεδομένων αλληλουχιών

Σκοπός της άσκησης αυτής είναι η εξοικείωση με τη χρήση των εργαλείων αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων αλληλουχιών και η αποτίμηση των αποτελεσμάτων των αναζητήσεων.
ΜΕΡΟΣ Α
Στο εργαστήριο προσδιορίσατε την αλληλουχία ενός ανθρώπινου γονιδίου και η μελέτη της αλληλουχίας του υποδικνύει ότι το γονίδιο κωδικοποιεί την παρακάτω αλληλουχία:

Πρακτική Άσκηση #1: Σύγκριση αλληλουχιών με Dot Plots

Εισαγωγικά στοιχεία
Για τους σκοπούς της άσκησης αυτής θα χρησιμοποιήσουμε το διαδικτυακό εργαλείο Dotlet το οποίο έχει αναπτυχθεί στο SIB.
Στόχος της άσκησης είναι η εξοικείωση με τις πληροφορίες που προσφέρουν τα dot plots.
Πρακτικό μέρος
A. Συλλογή δεδομένων
Θα μελετήσουμε ως προς την ομοιότητά τους τόσο νουκλεοτιδικές όσο και αμινοξικές αλληλουχίες που θα ανακτήσουμε μέσω του εργαλείου Entrez που προσφέρεται από το NCBI:

Pages

Subscribe to RSS - bio230's blog


by Dr. Radut.