Θέμα: Εφαρμογές Δικτύων/Γραφημάτων (Network/Graphs) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
Στην εργασία αυτή αναμένεται να δώσετε μια συνοπτική εισαγωγή στα δίκτυα, αναπτύσσοντας βασικές έννοιες και αλγορίθμους, εστιάζοντας τελικά σε τρία παραδείγματα εφαρμογής των δικτύων στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
Τα παραδείγματα που θα επιλέξετε μπορείτε να τα παρουσιάσετε:
Ομάδες 5-7 φοιτητών θα ετοιμάσουν εργασίες σεμιναρίων σε 1 από τα παρακάτω θέματα:
-
Εφαρμογές μεθόδων ψηφιακής επεξεργασίας σήματος (Digital Signal Processing) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
-
Εφαρμογές Δικτύων/Γραφημάτων (Networks/Graphs) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
-
Μέθοδοι Εξόρυξης Γνώσης από τη Βιοιατρική Βιβλιογραφία (Biomedical Literature Text Mining).
Η κάθε ομάδα θα επιλέξει τη μορφή της εργασίας της:
- Προγνωστικές μέθοδοι με βάση αλληλουχίες DNA (PDF)
- Γονιδιωματικές Βάσεις Δεδομένων (PDF) και Μεταγονιδιωματική (PDF)
- Βάσεις Δομικών Δεδομένων Βιολογικών Μακρομορίων (PDF)
Αγαπητές φοιτήτριες,
Αγαπητοί φοιτητές,
Καλώς ήλθατε στην ιστοσελίδα του μαθήματος ΒΙΟ003!
Εδώ θα βρίσκετε όλες τις πληροφορίες που αφορούν στο μάθημα, όπως υλικό διαλέξεων, φροντιστηρίων και εργαστηριακών ασκήσεων, σημειώσεις, συνδέσμους προς διαδικτυακές πηγες σχετικές με το μάθημα κλπ.
Επίσης, μπορείτε να βρείτε χρήσιμο υλικό και εργασίες που δόθηκαν σε προηγούμενα ακαδημαϊκά έτη στον σύνδεσμο http://troodos.biol.ucy.ac.cy/BRLnew/drupal-7.0/?q=blog/62.
Στόχος
Η ομαδική αυτή εργασία έχει σαν στόχο την εκτίμηση της "βιωσιμότητας" των διαδικτυακών βάσεων δεδομένων που σχετίζονται με τη μοριακή βιολογία. Αυτή η εκτίμηση θα πραγματοποιηθεί με την εξέταση δεδομένων που βρίσκονται διαθέσιμα στις ετήσιες ειδικές εκδόσεις "Database Issue" που εκδίδει κάθε Ιανουάριο το έγκριτο περιοδικό Nucleic Acids Research.
Προσέγγιση
Αγαπητοί φοιτητές του ΒΙΟ003!!
Αυτή είναι η πρώτη ανάρτηση στο blog του μαθήματος ΒΙΟ003 για το τρέχον εξάμηνο.
Σε παλαιότερες αναρτήσεις μπορείτε να βρείτε όλο το διδακτικό υλικό (διαφάνειες διαλέξεων, σημειώσεις κλπ).
Η παρουσίαση της τελευταίας διάλεξης [PDF].
Να δημιουργήσετε ομάδες των 1-3 φοιτητών και να επιλέξετε μια από τις παρα-
κάτω εργασίες.
ΑΣΚΗΣΕΙΣ
Η κάθε ομάδα, θα πρέπει να ετοιμάσει μια μικρή παρουσίαση (3-4 powerpoint slides)
την οποία θα στείλετε με email στο vprobon@ucy.ac.cy μέχρι το τέλος της εξεταστικής
περιόδου.
Υλικό διαλέξεων (βασισμένο στις διαλέξεις του J. Pevzner)
-
Κατά ζέυγη σύγκριση ακολουθιών, πίνακες αντικατάστασης, ολική και τοπική στοίχιση ακολουθιών, προσεγγιστικές μέθοδοι (BLAST, FASTA) (PDF slides)
-
Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών (PDF slides)
Υλικό διαλέξεων
Μετά από συνεννόηση με τους φοιτητές του μαθήματος, η ημερομηνία της ενδιάμεσης εξέτασης μετατοπίστηκε για την Τετάρτη, 14/03/2012.
Μπορείτε να κατεβάσετε στον υπολογιστή σας το συμβόλαιο μαθήματος (PDF).
Από την τελευταία έκδοση για Βάσεις Δεδομένων Μοριακής Βιολογίας (Database Issue) του περιοδικού Nucleic Acids Research, να επιλέξετε ένα άρθρο που σας ενδιαφέρει και να συντάξετε μια μικρή παράγραφο στην οποία θα απαντάτε σύντομα στις παρακάτω ερωτήσεις:
1. Τι είδους δεδομένα περιέχονται στη συγκεκριμένη βάση δεδομένων;
2. Ποιά πιστεύετε ότι είναι η χρησιμότητα αυτής της βάσης δεδομένων;
Τις απαντήσεις σας να τις στείλετε με ηλεκτρονικό ταχυδρομείο (vprobon@ucy.ac.cy) μέχρι την Κυριακή 12/02/2012.
Μπορείτε να βρείτε εισαγωγικό υλικό για μελέτη:
Εισαγωγικό υλικό στη Μοριακή Βιολογία από το Μάθημα ΒΙΟ 101 του Αν. Καθ. Λεόντιου Κωστρίκη: Σημειώσεις (αρχείο PDF)
"Στοιχεία Μοριακής Βιολογίας – Βιολογικά Μακρομόρια" και "Επισκόπηση του πεδίου της Υπολογιστικής Βιολογίας - Βιοπληροφορικής": Διαφάνειες (αρχείο PDF)
Καλώς ήρθατε στην ιστοσελίδα του μαθήματος ΒΙΟ003!
Εδώ θα βρείτε υλικό σχετικό με το μάθημα.
Χαιρετισμούς,
ΒΙΟ003 admin
