Jump to Navigation

Blogs

Πρακτική άσκηση - Σύγκριση αλληλουχιών

1. Από το υποσύνολο των "Reviewed" εγγραφών της διαδικτυακής βάσης δεδομένων UniProt (http://www.uniprot.org) να εντοπίσετε τις αλληλουχίες του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από ευκαρυωτικούς οργανισμούς με το μικρότερο και μεγαλύτερο μήκος.
α. Που οφείλεται η διαφορά μήκους των αλληλουχιών;
β. Μπορείτε να διακρίνετε κάποια συσχέτιση στα μήκη των αλληλουχιών και τη συστηματική κατάταξη των αντίστοιχων οργανισμών; Σχολιάστε.

Καλή Ακαδημαϊκή Χρονιά 2014-2015!!

Μπορείτε να κατεβάσετε το συμβόλαιο μαθήματος από τον παρακάτω σύνδεσμο:
http://troodos.biol.ucy.ac.cy/BRLnew/drupal-7.0/sites/default/files/BIO331/Winter2014/AnalytikoProgramma.pdf

Καλή Ακαδημαϊκή Χρονιά 2014-2015!!

Μπορείτε να κατεβάσετε το συμβόλαιο μαθήματος από τον παρακάτω σύνδεσμο:
http://troodos.biol.ucy.ac.cy/BRLnew/drupal-7.0/sites/default/files/BIO230/Winter2014/AnalytikoProgramma.pdf

1η Κατ'οίκον Εργασία (NAR database issue - Ομαδική Εργασία)

Στόχος
Η ομαδική αυτή εργασία έχει σαν στόχο την εκτίμηση της "βιωσιμότητας" των διαδικτυακών βάσεων δεδομένων που σχετίζονται με τη μοριακή βιολογία. Αυτή η εκτίμηση θα πραγματοποιηθεί με την εξέταση δεδομένων που βρίσκονται διαθέσιμα στις ετήσιες ειδικές εκδόσεις "Database Issue"  που εκδίδει κάθε Ιανουάριο το έγκριτο περιοδικό Nucleic Acids Research.
Προσέγγιση

BIO003 - Spring 2013

Αγαπητοί φοιτητές του ΒΙΟ003!!
Αυτή είναι η πρώτη ανάρτηση στο blog του μαθήματος ΒΙΟ003 για το τρέχον εξάμηνο.
Σε παλαιότερες αναρτήσεις μπορείτε να βρείτε όλο το διδακτικό υλικό (διαφάνειες διαλέξεων, σημειώσεις κλπ).

Υλικό: Εισαγωγή στη Δομική Βιοπληροφορική

Εισαγωγή στη Δομική Βιοπληροφορική
Σημείωση: Για την εξέταση του Δεκέμβρη να μελετήσετε το υλικό που αντιστοιχεί μέχρι τη διαφάνεια 65.
Επίσης, δείτε το πακέτο σημειώσεων 4 που έχει αναρτηθεί παλαιότερα (Σημειώσεις).
 

Πρακτική Άσκηση ##2: Αναζητήσεις σε βάσεις δεδομένων αλληλουχιών

Σκοπός της άσκησης αυτής είναι η εξοικείωση με τη χρήση των εργαλείων αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων αλληλουχιών και η αποτίμηση των αποτελεσμάτων των αναζητήσεων.
ΜΕΡΟΣ Α
Στο εργαστήριο προσδιορίσατε την αλληλουχία ενός ανθρώπινου γονιδίου και η μελέτη της αλληλουχίας του υποδικνύει ότι το γονίδιο κωδικοποιεί την παρακάτω αλληλουχία:

Πρακτική Άσκηση #1: Σύγκριση αλληλουχιών με Dot Plots

Εισαγωγικά στοιχεία
Για τους σκοπούς της άσκησης αυτής θα χρησιμοποιήσουμε το διαδικτυακό εργαλείο Dotlet το οποίο έχει αναπτυχθεί στο SIB.
Στόχος της άσκησης είναι η εξοικείωση με τις πληροφορίες που προσφέρουν τα dot plots.
Πρακτικό μέρος
A. Συλλογή δεδομένων
Θα μελετήσουμε ως προς την ομοιότητά τους τόσο νουκλεοτιδικές όσο και αμινοξικές αλληλουχίες που θα ανακτήσουμε μέσω του εργαλείου Entrez που προσφέρεται από το NCBI:

Some useful online resources

You may find some interesting online resources related to the topics discussed in this class in the following link [Online resources].

    ΒΙΟ230 - Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία

    ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία (6 ECTS)

    Last lecture

    Η παρουσίαση της τελευταίας διάλεξης [PDF].

    Seminar titles

    Να δημιουργήσετε ομάδες των 1-3 φοιτητών και να επιλέξετε μια από τις παρα-
    κάτω εργασίες.
    ΑΣΚΗΣΕΙΣ

    Η κάθε ομάδα, θα πρέπει να ετοιμάσει μια μικρή παρουσίαση (3-4 powerpoint slides)
    την οποία θα στείλετε με email στο vprobon@ucy.ac.cy μέχρι το τέλος της εξεταστικής
    περιόδου.

    Υλικό: Σύγκριση Αλληλουχιών και άλλα ...

    Υλικό διαλέξεων (βασισμένο στις διαλέξεις του J. Pevzner)

    • Κατά ζέυγη σύγκριση ακολουθιών, πίνακες αντικατάστασης, ολική και τοπική στοίχιση ακολουθιών, προσεγγιστικές μέθοδοι (BLAST, FASTA) (PDF slides)
    • Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών (PDF slides)

    Υλικό διαλέξεων

    Διαλέξεις - Άρθρα -Σημειώσεις

    • Εισαγωγική διάλεξη (Slides, PDF).
    • Αλληλουχίες βιολογικών μακρομορίων και εισαγωγή στη μοριακή εξέλιξη (Slides, PDF)

    Σχετική Βιβλιογραφία

    Υλικό Μαθήματος ΒΙΟ 650

    Αγαπητοί φοιτήτές,
    Στην ιστοσελίδα αυτή θα μπορείτε να βρείτε υλικό (διαλέξεις, σημειώσεις, άρθρα, κλπ) που αφορούν το μάθημα ΒΙΟ 650.
     
     
    Χαιρετισμούς.
     
    BIO650admin

    Αλλαγή ημερομηνίας διεξαγωγής ενδιάμεσης εξέτασης

    Μετά από συνεννόηση με τους φοιτητές του μαθήματος, η ημερομηνία της ενδιάμεσης εξέτασης μετατοπίστηκε για την Τετάρτη, 14/03/2012.

    Pages

    Subscribe to RSS - blogs


    by Dr. Radut.