1. Από το υποσύνολο των "Reviewed" εγγραφών της διαδικτυακής βάσης δεδομένων UniProt (http://www.uniprot.org) να εντοπίσετε τις αλληλουχίες του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από ευκαρυωτικούς οργανισμούς με το μικρότερο και μεγαλύτερο μήκος.
α. Που οφείλεται η διαφορά μήκους των αλληλουχιών;
β. Μπορείτε να διακρίνετε κάποια συσχέτιση στα μήκη των αλληλουχιών και τη συστηματική κατάταξη των αντίστοιχων οργανισμών; Σχολιάστε.
Στόχος
Η ομαδική αυτή εργασία έχει σαν στόχο την εκτίμηση της "βιωσιμότητας" των διαδικτυακών βάσεων δεδομένων που σχετίζονται με τη μοριακή βιολογία. Αυτή η εκτίμηση θα πραγματοποιηθεί με την εξέταση δεδομένων που βρίσκονται διαθέσιμα στις ετήσιες ειδικές εκδόσεις "Database Issue" που εκδίδει κάθε Ιανουάριο το έγκριτο περιοδικό Nucleic Acids Research.
Προσέγγιση
Αγαπητοί φοιτητές του ΒΙΟ003!!
Αυτή είναι η πρώτη ανάρτηση στο blog του μαθήματος ΒΙΟ003 για το τρέχον εξάμηνο.
Σε παλαιότερες αναρτήσεις μπορείτε να βρείτε όλο το διδακτικό υλικό (διαφάνειες διαλέξεων, σημειώσεις κλπ).
Σκοπός της άσκησης αυτής είναι η εξοικείωση με τη χρήση των εργαλείων αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων αλληλουχιών και η αποτίμηση των αποτελεσμάτων των αναζητήσεων.
ΜΕΡΟΣ Α
Στο εργαστήριο προσδιορίσατε την αλληλουχία ενός ανθρώπινου γονιδίου και η μελέτη της αλληλουχίας του υποδικνύει ότι το γονίδιο κωδικοποιεί την παρακάτω αλληλουχία:
Εισαγωγικά στοιχεία
Για τους σκοπούς της άσκησης αυτής θα χρησιμοποιήσουμε το διαδικτυακό εργαλείο Dotlet το οποίο έχει αναπτυχθεί στο SIB.
Στόχος της άσκησης είναι η εξοικείωση με τις πληροφορίες που προσφέρουν τα dot plots.
Πρακτικό μέρος
A. Συλλογή δεδομένων
Θα μελετήσουμε ως προς την ομοιότητά τους τόσο νουκλεοτιδικές όσο και αμινοξικές αλληλουχίες που θα ανακτήσουμε μέσω του εργαλείου Entrez που προσφέρεται από το NCBI:
You may find some interesting online resources related to the topics discussed in this class in the following link [Online resources].
ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία (6 ECTS)
Η παρουσίαση της τελευταίας διάλεξης [PDF].
Να δημιουργήσετε ομάδες των 1-3 φοιτητών και να επιλέξετε μια από τις παρα-
κάτω εργασίες.
ΑΣΚΗΣΕΙΣ
Η κάθε ομάδα, θα πρέπει να ετοιμάσει μια μικρή παρουσίαση (3-4 powerpoint slides)
την οποία θα στείλετε με email στο vprobon@ucy.ac.cy μέχρι το τέλος της εξεταστικής
περιόδου.
Υλικό διαλέξεων (βασισμένο στις διαλέξεις του J. Pevzner)
-
Κατά ζέυγη σύγκριση ακολουθιών, πίνακες αντικατάστασης, ολική και τοπική στοίχιση ακολουθιών, προσεγγιστικές μέθοδοι (BLAST, FASTA) (PDF slides)
-
Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών (PDF slides)
Υλικό διαλέξεων
-
Εισαγωγική διάλεξη (Slides, PDF).
-
Αλληλουχίες βιολογικών μακρομορίων και εισαγωγή στη μοριακή εξέλιξη (Slides, PDF)
Σχετική Βιβλιογραφία
Αγαπητοί φοιτήτές,
Στην ιστοσελίδα αυτή θα μπορείτε να βρείτε υλικό (διαλέξεις, σημειώσεις, άρθρα, κλπ) που αφορούν το μάθημα ΒΙΟ 650.
Χαιρετισμούς.
BIO650admin
Μετά από συνεννόηση με τους φοιτητές του μαθήματος, η ημερομηνία της ενδιάμεσης εξέτασης μετατοπίστηκε για την Τετάρτη, 14/03/2012.
