Γενικές οδηγίες
Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-5 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής.
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ230 είναι πολλαπλός:
1. Εξοικείωση με την αναζήτηση βιβλιογραφίας.
2. Ανάπτυξη ερευνητικού πνεύματος – θέση ερευνητικών ερωτημάτων.
Μπορείτε να βρείτε το σχετικό υλικό του μαθήματος με διορθωμένες τις σχέσεις για τον υπολογισμό precision, recall.
Slides
Σημειώσεις
University of Cyprus together with the support of COST Action BM1405 is pleased to announce the 2nd NGP-net Winter School on computational methods for non-globular proteins (09-12 January 2018).
More information here.
Μπορείτε να βρείτε την παρουσίαση που συζητήσαμε στο φροντιστήριο [PDF].
-
Αναζητήστε στη βάση δεδομένων UniProt την αλληλουχία του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από το βακτήριο Escherichia coli (hint: P0ABQ4, P13922).
-
Συγκρίνετε τις αλληλουχίες αυτές με ολική και τοπική στοίχιση με την ανθρώπινη πρωτεϊνη.
-
Να σχολιάσετε τα αποτελέσματά σας.
Μέρος Ι. Dot plots
-
Αναζητήστε στη βάση δεδομένων UniProt την αλληλουχία του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από τον άνθρωπο και το ποντίκι (hint: P00374, P00375).
-
Αποθηκεύστε τις αλληλουχίες σε μορφή FASTA.
-
Ενεργοποιήστε την εφαρμογή Dotlet JS:
-
Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με τον ευατό της.
-
Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με αυτή του ποντικού
-
Τί παρατηρείτε;
Μέρος ΙΙ. Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη με δυναμικό προγραμματισμό
1. Διατυπώστε ένα βιολογικό ερώτημα που σας απασχολεί εξηγώντας συνοπτικά τη σημασία του.
2. Σχεδιάστε μια στρατηγική αναζήτησης στη βάση δεδομένων PubMed για την ανάκτηση εγγραφών της βιβλιογραφίας που θα σας δίνουν πρόσβαση σε πληροφορίες σχετικές με το ερώτημά σας. Περιγράψτε σύντομα το σκεπτικό που σας οδήγησε στη συγκεκριμένη στρατηγική.
3. Εκτελέστε την αναζήτηση και περιγράψετε σύντομα τα αποτελέσματά της.
Γενικές οδηγίες
Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-4 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής.
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ650 είναι πολλαπλός:
For this assignment you will need to identify at least one research or review paper (preferencially indexed in Pubmed) where at least one pairwise sequence alignment (e.g. gene, protein, genome sequence) was used to derive a biologically meaningful conclusion.
You should prepare before the class (29/09/2016) the following:
1. A short report (max. 500 words, excluding references/figures or other supporting matterial) highlighting:
Θέμα: Εφαρμογές Δικτύων/Γραφημάτων (Network/Graphs) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
Στην εργασία αυτή αναμένεται να δώσετε μια συνοπτική εισαγωγή στα δίκτυα, αναπτύσσοντας βασικές έννοιες και αλγορίθμους, εστιάζοντας τελικά σε τρία παραδείγματα εφαρμογής των δικτύων στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
Τα παραδείγματα που θα επιλέξετε μπορείτε να τα παρουσιάσετε:
Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-5 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής. Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία που θα επιλέξετε.
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ230 είναι πολλαπλός:
Ομάδες 5-7 φοιτητών θα ετοιμάσουν εργασίες σεμιναρίων σε 1 από τα παρακάτω θέματα:
-
Εφαρμογές μεθόδων ψηφιακής επεξεργασίας σήματος (Digital Signal Processing) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
-
Εφαρμογές Δικτύων/Γραφημάτων (Networks/Graphs) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
-
Μέθοδοι Εξόρυξης Γνώσης από τη Βιοιατρική Βιβλιογραφία (Biomedical Literature Text Mining).
Η κάθε ομάδα θα επιλέξει τη μορφή της εργασίας της:
- Προγνωστικές μέθοδοι με βάση αλληλουχίες DNA (PDF)
- Γονιδιωματικές Βάσεις Δεδομένων (PDF) και Μεταγονιδιωματική (PDF)
- Βάσεις Δομικών Δεδομένων Βιολογικών Μακρομορίων (PDF)
Αγαπητές φοιτήτριες,
Αγαπητοί φοιτητές,
Καλώς ήλθατε στην ιστοσελίδα του μαθήματος ΒΙΟ003!
Εδώ θα βρίσκετε όλες τις πληροφορίες που αφορούν στο μάθημα, όπως υλικό διαλέξεων, φροντιστηρίων και εργαστηριακών ασκήσεων, σημειώσεις, συνδέσμους προς διαδικτυακές πηγες σχετικές με το μάθημα κλπ.
Επίσης, μπορείτε να βρείτε χρήσιμο υλικό και εργασίες που δόθηκαν σε προηγούμενα ακαδημαϊκά έτη στον σύνδεσμο http://troodos.biol.ucy.ac.cy/BRLnew/drupal-7.0/?q=blog/62.
Οι εγγραφές της Protein Data Bank τις οποίες θα μελετήσετε για το σεμινάριό σας είναι οι παρακάτω:
3MYI
3PVF
2W9G
1NQE
1E12
Lecture on Biological Networks and Introduction to Microarray Analysis: PDF slides.
Οι ομάδες 4-6 φοιτητών που έχετε σχηματίσει θα επιλέξετε να ασχοληθείτε με ένα από τα θέματα 1, 2 και το κοινό θέμα που περιγράφονται παρακάτω.
Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία.
ΘΕΜΑ 1
