Jump to Navigation

Blogs

Εργασίες Σεμιναρίων - Νοέμβριος 2019

Γενικές οδηγίες
Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-5 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής. 
 
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ230 είναι πολλαπλός:
 
1. Εξοικείωση με την αναζήτηση βιβλιογραφίας.
2. Ανάπτυξη ερευνητικού πνεύματος – θέση ερευνητικών ερωτημάτων.

Ανάκτηση πληροφορίας - διευκρινίσεις/διορθώσεις

Μπορείτε να βρείτε το σχετικό υλικό του μαθήματος με διορθωμένες τις σχέσεις για τον υπολογισμό precision, recall.
Slides
Σημειώσεις

2nd NGP-net Winter School on computational methods for non-globular proteins

University of Cyprus together with the support of COST Action BM1405 is pleased to announce the 2nd NGP-net Winter School on computational methods for non-globular proteins (09-12 January 2018).
More information here.

Lab Practical: Sequence database search with the NCBi-BLAST suite

Please find material and data in the following hyperlink: Material and Data
 
Enjoy!!

ELIXIR-CY

Πρότυπο Αναφοράς

Μπορείτε να βρείτε την παρουσίαση που συζητήσαμε στο φροντιστήριο [PDF].

Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη: Dot-Plots και δυναμικός προγραμματισμός (2ο μέρος)

  1. Αναζητήστε στη βάση δεδομένων UniProt την αλληλουχία του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από το βακτήριο Escherichia coli (hint: P0ABQ4, P13922).
  2. Συγκρίνετε τις αλληλουχίες αυτές με ολική και τοπική στοίχιση με την ανθρώπινη πρωτεϊνη.
  3. Να σχολιάσετε τα αποτελέσματά σας.

Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη: Dot-Plots και δυναμικός προγραμματισμός

Μέρος Ι. Dot plots

  1. Αναζητήστε στη βάση δεδομένων UniProt την αλληλουχία του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (dihydrofolate reductase) από τον άνθρωπο και το ποντίκι (hint: P00374, P00375).
  2. Αποθηκεύστε τις αλληλουχίες σε μορφή FASTA.
  3. Ενεργοποιήστε την εφαρμογή Dotlet JS: 
  • Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με τον ευατό της.
  • Συγκρίνετε την ανθρώπινη αλληλουχία με αυτή του ποντικού
  • Τί παρατηρείτε;

Μέρος ΙΙ. Σύγκριση αλληλουχιών κατά ζεύγη με δυναμικό προγραμματισμό

Εργασία στην ανάκτηση δεδομένων από την PubMed.

1. Διατυπώστε ένα βιολογικό ερώτημα που σας απασχολεί εξηγώντας συνοπτικά τη σημασία του.
2. Σχεδιάστε μια στρατηγική αναζήτησης στη βάση δεδομένων PubMed για την ανάκτηση εγγραφών της βιβλιογραφίας που θα σας δίνουν πρόσβαση σε πληροφορίες σχετικές με το ερώτημά σας. Περιγράψτε σύντομα το σκεπτικό που σας οδήγησε στη συγκεκριμένη στρατηγική.
3. Εκτελέστε την αναζήτηση και περιγράψετε σύντομα τα αποτελέσματά της.

Δομή Επιστημονικού Άρθρου

Μπορείτε να βρείτε μια πολύ χρήσιμη περιγραφή στο σύνδεσμο https://hsl.lib.umn.edu/biomed/help/structure-a-research-paper.

Εργασίες Σεμιναρίων - Νοέμβριος 2016

Γενικές οδηγίες

Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-4 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής. 

 

Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ650 είναι πολλαπλός:

Assignment - Applications of pairwise sequence alignments - Due 29/09/2016

For this assignment you will need to identify at least one research or review paper (preferencially indexed in Pubmed) where at least one pairwise sequence alignment (e.g. gene, protein, genome sequence) was used to derive a biologically meaningful conclusion.
You should prepare before the class (29/09/2016) the following:
1. A short report (max. 500 words, excluding references/figures or other supporting matterial) highlighting:

BIO650 - Winter 2016

Dear students,
You may find the course syllabus and relevant introductory information at the following link:
http://troodos.biol.ucy.ac.cy/BRLnew/drupal-7.0/sites/default/files/AnalytikoProgrammaBIO650-Winter2016.pdf
I hope you enjoy this class!
 

Welcome to BIO230

Αγαπητοί φοιτητές,
Το συμβόλαιο του μαθήματος έχει αναρτηθεί σε μορφή PDF στον ακόλουθο σύνδεσμο: 
http://troodos.biol.ucy.ac.cy/BRLnew/drupal-7.0/sites/default/files/AnalytikoProgrammaBIO230-Winter2016.pdf
Καλό εξάμηνο!
 

Θέματα Σεμιναρίων - 2016

Θέμα: Εφαρμογές Δικτύων/Γραφημάτων (Network/Graphs) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
Στην εργασία αυτή αναμένεται να δώσετε μια συνοπτική εισαγωγή στα δίκτυα, αναπτύσσοντας βασικές έννοιες και αλγορίθμους, εστιάζοντας τελικά σε τρία παραδείγματα εφαρμογής των δικτύων στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
 
Τα παραδείγματα που θα επιλέξετε μπορείτε να τα παρουσιάσετε:

Εργασία Σεμιναρίου - Χειμερινό Εξάμηνο 2015-2016

Για τα σεμινάρια θα εργαστείτε σε μικρές ομάδες (3-5 φοιτητές). Τα θέματα των σεμιναρίων ξεκινούν από ένα βιολογικό ερώτημα και αφορούν τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων με κατάλληλα εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής. Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία που θα επιλέξετε.
Ο στόχος των σεμιναρίων του μαθήματος ΒΙΟ230 είναι πολλαπλός: 

Θέματα Σεμιναρίων - 2015

Ομάδες 5-7 φοιτητών θα ετοιμάσουν εργασίες σεμιναρίων σε 1 από τα παρακάτω θέματα:

  1. Εφαρμογές μεθόδων ψηφιακής επεξεργασίας σήματος (Digital Signal Processing) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
  2. Εφαρμογές Δικτύων/Γραφημάτων (Networks/Graphs) στην Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική.
  3. Μέθοδοι Εξόρυξης Γνώσης από τη Βιοιατρική Βιβλιογραφία (Biomedical Literature Text Mining).

Η κάθε ομάδα θα επιλέξει τη μορφή της εργασίας της:

Υλικό διαλέξεων (04/03/2015)

- Προγνωστικές μέθοδοι με βάση αλληλουχίες DNA (PDF)

Υλικό διαλέξεων (13/02/2015)

- Γονιδιωματικές Βάσεις Δεδομένων (PDF) και Μεταγονιδιωματική (PDF)
- Βάσεις Δομικών Δεδομένων Βιολογικών Μακρομορίων (PDF)

BIO003: Spring Semester 2014-2015

Αγαπητές φοιτήτριες,
Αγαπητοί φοιτητές,
 
Καλώς ήλθατε στην ιστοσελίδα του μαθήματος ΒΙΟ003!
Εδώ θα βρίσκετε όλες τις πληροφορίες που αφορούν στο μάθημα, όπως υλικό διαλέξεων, φροντιστηρίων και εργαστηριακών ασκήσεων, σημειώσεις, συνδέσμους προς διαδικτυακές πηγες σχετικές με το μάθημα κλπ.
Επίσης, μπορείτε να βρείτε χρήσιμο υλικό και εργασίες που δόθηκαν σε προηγούμενα ακαδημαϊκά έτη στον σύνδεσμο http://troodos.biol.ucy.ac.cy/BRLnew/drupal-7.0/?q=blog/62.

Seminar - PDB entries

Οι εγγραφές της Protein Data Bank τις οποίες θα μελετήσετε για το σεμινάριό σας είναι οι παρακάτω:
3MYI
3PVF
2W9G
1NQE
1E12

Extra slideshow

Lecture on Biological Networks and Introduction to Microarray Analysis: PDF slides.
 

Εργασία Σεμιναρίου

Οι ομάδες 4-6 φοιτητών που έχετε σχηματίσει θα επιλέξετε να ασχοληθείτε με ένα από τα θέματα 1, 2 και το κοινό θέμα που περιγράφονται παρακάτω.
Για να απαντήσετε τα ερωτήματα που τίθενται μπορείτε να χρησιμοποιήσετε επίσης βιβλιογραφικές πηγές και άλλα υπολογιστικά εργαλεία.
ΘΕΜΑ 1

Pages

Subscribe to RSS - blogs


by Dr. Radut.